一，《草案》第五十条规定：对于国家工作人员有下列行为的，应当全面调查，依法作出处理：(一)组织、领导、参加有组织犯罪活动的；(二)包庇、纵容有组织犯罪活动的；(三)为有组织犯罪组织及其犯罪活动提供支持帮助的；(四)在查办有组织犯罪案件工作中失职渎职的；(五)其他涉及有组织犯罪的违法犯罪行为。国家工作人员组织、领导、参加有组织犯罪的，应当依法从重处罚。由此可见，《草案》对于国家工作人员涉嫌有组织罪犯罪的行为采取了列举式的规定，共计五种。但与《有组织犯罪法（草案）》第二条所规定的情况存在概念不周延（将有组织犯罪分为组织本身犯罪与组织所实施犯罪两部分）的问题，因此，在《反有组织犯罪法》中对该列举式的五种规定修改成六种，修改为：（一）组织、领导、参加有组织犯罪活动的；（二）为有组织犯罪组织及其犯罪活动提供帮助的；（三）包庇有组织犯罪组织、纵容有组织犯罪活动的；（四）在查办有组织犯罪案件工作中失职渎职的；（五）利用职权或者职务上的影响干预反有组织犯罪工作的；（六）其他涉有组织犯罪的违法犯罪行为。国家工作人员组织、领导、参加有组织犯罪的，应当依法从重处罚。
 
        二，《草案》第五十一条第二款规定：国家工作人员在反有组织犯罪工作中滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊，或者有其他违法犯罪行为的，任何单位和个人有权向相关部门报案、控告、举报，相关部门接受报案、控告、举报后，应当及时处理。《反有组织犯罪法》将该条修改为“任何单位和个人发现国家工作人员与有组织犯罪有关的违法犯罪行为，有权向监察机关、人民检察院、公安机关等部门报案、控告、举报。有关部门接到报案、控告、举报后，应当及时处理”，将之与《草案》相对照，仅仅是用语的区别，对于本身意义并无实质性差异。
 
        三，《草案》第五十二条规定：国家工作人员应当依法查办有组织犯罪案件，或者依照职责支持、协助查办有组织犯罪案件工作，不得有下列行为：（一）利用职权或者职务上的影响干预反有组织犯罪工作；（二）接到举报不受理，发现犯罪信息、线索隐瞒不报、不如实报告，或者未经批准、授权擅自处置、不移送犯罪线索、涉案材料；（三）向违法犯罪分子通风报信，阻碍案件查处；（四）因故意或者重大过失将其他违法犯罪按有组织犯罪处理、将有组织犯罪按其他违法犯罪处理等违背事实和法律处理有组织犯罪案件的行为；（五）违反规定采取查封、扣押、冻结措施或者擅自处置涉案财物；（六）其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的行为，《草案》对国家工作人员查办或协助查办有组织犯罪工作，不得实施的行为均采取了列举式规定。
 
        《反有组织犯罪法》将其修改为：依法查办有组织犯罪案件或者依照职责支持、协助查办有组织犯罪案件的国家工作人员，不得有下列行为：（一）接到报案、控告、举报不受理，发现犯罪信息、线索隐瞒不报、不如实报告，或者未经批准、授权擅自处置、不移送犯罪线索、涉案材料；（二）向违法犯罪人员通风报信，阻碍案件查处；（三）违背事实和法律处理案件；（四）违反规定查封、扣押、冻结、处置涉案财物；（五）其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的行为。
 
        对照进行研究，《反有组织犯罪法》的修改在文字与逻辑上更加简洁与严谨，删除了“利用职权或者职务上的影响干预反有组织犯罪工作”；删除了“因故意或者重大过失将其他违法犯罪按有组织犯罪处理、将有组织犯罪按其他违法犯罪处理等违背事实和法律处理有组织犯罪案件的行为”的内容。
 
        四，《反有组织犯罪法（草案）》第五十三条第二款规定：对利用信访举报等方式歪曲捏造事实、诬告陷害从事反有组织犯罪工作的执法、司法工作人员的，应当依法追究责任，从严处理。造成不良影响的，应当按照规定及时澄清事实，恢复名誉，消除不良影响。《反有组织犯罪法》第五十三条删去了“信访”二字，删去了“从严处理”。
 
        五，《反有组织犯罪法》第五十九条增加了“加强人才队伍建设”的内容。
 
        六，《反有组织犯罪法》第六十二条删除了《草案》第六十二条第一款规定“公安机关、人民检察院、人民法院采取保护措施，应当分别经县级以上公安机关负责人、人民检察院检察长、人民法院院长批准”。
 
        七，《反有组织犯罪法（草案）》第六十三条规定：“对于参加有组织犯罪的人员，积极主动配合侦查、起诉、审判等工作，对侦破案件或者查明案件事实起到重要作用的，可以参照证人保护的规定执行”。《反有组织犯罪法》第六十三条为“实施有组织犯罪的人员配合侦查、起诉、审判等工作，对侦破案件或者查明案件事实起到重要作用的，可以参照证人保护的规定执行”，将“参加有组织犯罪的人员，积极主动配合”修改为“实施有组织犯罪的人员配合”。
 
        八，《反有组织犯罪法》第六十九条在《草案》第六十九条的基础上增加了“有违法所得的，除依法应当返还被害人的以外，应当予以没收”的内容。
 
        九，《反有组织犯罪法》第七十条在《草案》第七十条的基础上增加了“拒不改正的，处五日以上十日以下拘留”的内容，加重了对组织领导黑社会性质组织罪的当事人在如实报告其个人财产及日常活动方面的法律处分措施。
 
        十，《草案》第七十一条规定：金融机构等相关单位未依照本法规定协助公安机关采取紧急止付、临时冻结措施的，由公安机关处五万元以上二十万元以下罚款，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五万元以下罚款；情节严重的,处二十万元以上五十万元以下罚款，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员,处五万元以上十万元以下罚款。
 
        对照《反有组织犯罪法》第七十一条，《反有组织犯罪法》增加了“由公安机关责令改正”的内容；当金融机构等相关单位拒不改正的，才由公安机关处五万元以上二十万元以下罚款，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处五万元以下罚款；《反有组织犯罪法》增加了“情节严重的，公安机关可以建议有关主管部门对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分”的内容，由此可见，《反有组织法犯罪法》在对金融机构进行处罚的方面体现了对不同行为实施不同程度处罚的区别，显得更为理性与科学。
 
        十一，《反有组织犯罪法》第七十三条删除了“对相关单位给予通报批评”的内容；将“造成不良后果或者影响的”修改为“情节严重的”。
 
        十二，《反有组织犯罪法》第七十五条规定“尚不构成犯罪的，依法给予处分”；删去了草案第七十五条所规定的“从重”的内容。